Marco Magalhães studeerde aan het Conservatório de Música do Porto, de Escola Superior de Música de Lisboa en aan het Conservatorium van Amsterdam. Aan deze instituten kreeg hij les van blokfluitisten als Pedro Sousa Silva, Pedro Couto Soares, Paul Leenhouts, Walter van Hauwe en Jorge Isaac. Naast zijn opleiding als blokfluitist speelde Marco ook saxofoon en maakte hij deel uit van de Associação Musical de Freamunde, een van de meest bekende harmonie-orkesten van Portugal.
Na zijn studie bleef Marco Magalhães in Amsterdam en ontwikkelde zich als veelzijdig musicus. In het seizoen 2015-2016 treedt Marco met The Royal Wind Music op in onder andere Amsterdam (Concertgebouw), Duitsland (Summerwinds Festival) en Kroatië. Ook neemt hij deel aan een bijzonder project van ensemble Aventure, Filling the Gap, met verschillende concerten in Nederland.
In het verleden musiceerde Marco in ensembles en orkesten zoals Capela Real de Lisboa, A Imagem de Melancolia, Il Dolcimelo, Concertus Antiquus, Sete Lágrimas, The Royal Wind Music, Orquestra Sinfónica Portuguesa, Luthers Bach Ensemble en Prime Ensemble. Hij trad op in Portugal, Spanje, Frankrijk, Nederland, Duitsland, België, Oostenrijk, Zwitserland, Lichtenstein, Italië, Groot-Brittannië en de Verenigde Staten, in bekende concertzalen als Casa da Música (Porto), Concertgebouw (Amsterdam), Muziekgebouw (Amsterdam) en Jordan Hall (Boston) en op festivals zoals het Festival Oude Muziek Utrecht en het Festival de Musica Antigua (Barcelona).
Eerder gaf hij les aan de muziekschool De Kromme Rijn in Bunnik, Academia de Música de Paços de Brandão, Colégio de nossa Senhora de Rosário en de Academia de Música de Lousada.
Sinds 2012 is Marco Magalhães een van de organisatoren van de jaarlijkse zomercursus van Aventure, elk jaar rond eind juni een week lang op een schilderachtige plaats in Nederland.